產(chǎn)品簡介
近年來,高通量測序技術(shù)的迅猛發(fā)展,極大地推動了全基因組測序工作的展開,全球已有幾百種的植物和動物完成了全基因組測序工作。通過全基因組測序,人們可以獲得物種的全基因組序列圖譜,從而為該物種后續(xù)的研究和產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用奠定基礎(chǔ)。隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展,成本的降低,動植物基因組組裝不再 是大牛的專利,假如您致力于該物種的深入研究,denovo測序組裝它的基因組必然會推動您的研究進(jìn)程。
基因組從頭測序(De novo sequencing)是在不依賴參考基因組的情況下對某物種進(jìn)行基因組測序及拼接組裝,從而繪制該物種的全基因組序列圖譜。基因組測序不僅可以獲得該物種的全基因組序列圖譜,同時也為后續(xù)物種起源進(jìn)化及特定環(huán)境適應(yīng)性的研究奠定了基礎(chǔ)。
研究內(nèi)容
基因組Survey:
1) K-mer分析以及基因組大小估算;2) 雜合率估算;3) 初步組裝;4) GC含量評估。
基因組組裝:
1) 組裝結(jié)果評估;2) GC-Depth分布分析;3) GC含量分布分析;4) 測序深度分析;5) 常染色體區(qū)域覆蓋度評估(需要客戶提供BAC或者Fosmid序列);6) 基因區(qū)覆蓋度評估(需要客戶提供EST或者轉(zhuǎn)錄組序列)。
基因組注釋:
1) repeat注釋;2) 基因預(yù)測;3) 基因功能注釋;4) ncRNA注釋。
比較基因組學(xué)分析:
1) 基因聚類分析(也叫基因家族鑒定,動物TreeFam;植物OrthoMCL);2) 物種系統(tǒng)進(jìn)化分析;3) 物種分歧時間估算(需要標(biāo)定時間信息);4) 基因組共線性分析;5) 全基因組復(fù)制分析(動物WGAC;植物WGD)。
定制化個性化分析:
結(jié)合客戶需求,協(xié)商確定個性化分析內(nèi)容。
結(jié)果展示
送樣建議
1) 樣品類型:DNA;
2) 樣品濃度:≥50 ng/ul(Qubit定量);
3) 樣品總量:>60ug(Qubit定量);
4) 樣品純度:OD260/280:1.7 ~ 2.2;OD260/230≥0.5;260吸收峰正常不偏移;無蛋白質(zhì)、RNA或肉眼可見雜質(zhì)污染;
5) 若提供組織樣品,則植物樣本需為無菌黃化苗、組培樣品或嫩葉;
6)若需要做Hi-C測序,則需要提供新鮮的活體。
注:需從同一個體取樣,預(yù)防由于個體差異對后續(xù)拼接造成的影響,調(diào)研圖和精細(xì)圖也需要從同一個體取樣;如無選取同一個體的條件,須再溝通決定取樣方式。