產(chǎn)品簡介
近年來，高通量測序技術(shù)的迅猛發(fā)展，極大地推動了全基因組測序工作的展開，全球已有幾百種的植物和動物完成了全基因組測序工作。通過全基因組測序，人們可以獲得物種的全基因組序列圖譜，從而為該物種后續(xù)的研究和產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用奠定基礎(chǔ)。隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展，成本的降低，動植物基因組組裝不再 是大牛的專利，假如您致力于該物種的深入研究，denovo測序組裝它的基因組必然會推動您的研究進(jìn)程。
基因組從頭測序（De novo sequencing）是在不依賴參考基因組的情況下對某物種進(jìn)行基因組測序及拼接組裝，從而繪制該物種的全基因組序列圖譜。基因組測序不僅可以獲得該物種的全基因組序列圖譜，同時也為后續(xù)物種起源進(jìn)化及特定環(huán)境適應(yīng)性的研究奠定了基礎(chǔ)。
研究內(nèi)容
基因組Survey：
1) K-mer分析以及基因組大小估算；2) 雜合率估算；3) 初步組裝；4) GC含量評估。
基因組組裝：
1) 組裝結(jié)果評估；2) GC-Depth分布分析；3) GC含量分布分析；4) 測序深度分析；5) 常染色體區(qū)域覆蓋度評估（需要客戶提供BAC或者Fosmid序列）；6) 基因區(qū)覆蓋度評估（需要客戶提供EST或者轉(zhuǎn)錄組序列）。
基因組注釋：
1) repeat注釋；2) 基因預(yù)測；3) 基因功能注釋；4) ncRNA注釋。
比較基因組學(xué)分析：
1) 基因聚類分析（也叫基因家族鑒定，動物TreeFam；植物OrthoMCL）；2) 物種系統(tǒng)進(jìn)化分析；3) 物種分歧時間估算（需要標(biāo)定時間信息）；4) 基因組共線性分析；5) 全基因組復(fù)制分析（動物WGAC；植物WGD）。
定制化個性化分析：
結(jié)合客戶需求，協(xié)商確定個性化分析內(nèi)容。
結(jié)果展示
送樣建議
1) 樣品類型：DNA；
2) 樣品濃度：≥50 ng/ul（Qubit定量）；
3) 樣品總量：>60ug（Qubit定量）；
4) 樣品純度：OD260/280：1.7 ~ 2.2；OD260/230≥0.5；260吸收峰正常不偏移；無蛋白質(zhì)、RNA或肉眼可見雜質(zhì)污染；
5) 若提供組織樣品，則植物樣本需為無菌黃化苗、組培樣品或嫩葉；
6）若需要做Hi-C測序，則需要提供新鮮的活體。
注：需從同一個體取樣，預(yù)防由于個體差異對后續(xù)拼接造成的影響，調(diào)研圖和精細(xì)圖也需要從同一個體取樣；如無選取同一個體的條件，須再溝通決定取樣方式。
